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生物素標記的核酸經常被用于高靈敏的雜交和高通量的檢測實驗。

2'- Fluoro-NTP在新藥開發和研究中的利用數量逐漸增加。同時也用于寡核苷酸適配子和siRNA的設計和合成，增強外源DNA在生物體內的穩定性。

Aminoallyl修飾的核苷三磷酸為高密度的DNA標記提供一個更有效的方法，Aminoallyl NTPS用于PCR中的DNA間接標記，缺口平移，引物延伸反應和cDNA合成。